I cuscinetti di banco sono lubrificati dell'olio nella miscela, non da quello che lubrifica cambio e frizione. Prima di montarli li avevi fatti girare a mano per sentire che non sgranassero? Io di solito li lavo con benzina per togliere eventuale sporco che fosse finito tra le sfere, poi li lubrifico con olio da miscela.
Comunque, un assestamento delle parti c'è sempre dopo la chiusura del motore, vedi te, senza sentire il rumore non è facile fare una diagnosi, potrebbe benissimo essere dovuto solo al rumore dei cuscinetti dovuto allo spostamento assiale dell'albero (lo fa anche la mia 150).
Se la vespa va bene, non senti rumori strani, non succede più che si spegne o cala di giri tirando la frizione, e sei sicuro di aver fatto tutto ad hoc, io starei tranquillo e la userei, farei un po' di km di rodaggio e poi, puoi starne sicuro, se son rose, fioriranno (ovvero se c'è un problema salta fuori).