le vibrazioni sono causate dalle masse alterne , ora tu hai messo un pistone forse più pesante e la % di bilanciamento si è abbassata , magari hai pure il volano leggero e l'albero non proprio perfetto ed ecco che vibri ovunque.
per capire bisogna smontare , pesare ,misurare e di conseguenza agire.
P.S.:
da un giorno all'altro pure la mia vespa ha iniziato A VIBRARE era tutto ok , una settimana di delirio .... io son viziato ..... alla fine avevo montato male la marmitta , il dado che tiene la marmitta fissata al motore toccava contro il telaio trasmettendo fastidiose vibrazioni.